Il 31 ottobre 2013 è entrata in vigore la legge 30 ottobre 2013, n. 125, di conversione del decreto-legge 101/2013 ("Disposizioni urgenti per il perseguimento di obiettivi di razionalizzazione nelle pubbliche amministrazioni"), che all'articolo 11 stabilisce il nuovo campo di applicazione obbligatorio del Sistri, definisce la tempistica per la partenza operativa del sistema e rimanda l'applicazione delle sanzioni, nonché la cessazione dell’obbligo di registri e formulari per gli utenti SISTRI all'estate del 2014.

Il Dl 101/2013 esclude dall’obbligo di applicazione del SISTRI (ma rimane sempre la facoltà di aderire) i rifiuti speciali non pericolosi.
Vengono fornite però alcune specifiche:
1) l’obbligo di iscrizione vige per enti ed imprese che producono rifiuti "speciali pericolosi": sono quindi esclusi i privati;
2) per quanto riguarda i nuovi produttori viene precisato che sono obbligati quelli che "trattano o producono rifiuti pericolosi";
3) per quanto riguarda enti e imprese che effettuano operazioni di trattamento, recupero, smaltimento, commercio e intermediazione di rifiuti pericolosi, viene precisato che l'obbligo vale sia per i rifiuti speciali, sia per i rifiuti urbani. Per i rifiuti urbani l’obbligo parte dal 30 giugno 2014, in via sperimentale;
4) per i soggetti che svolgono attività di raccolta e trasporto a titolo professionale, l’obbligo vige per i rifiuti pericolosi, mentre per i rifiuti urbani è prevista una fase sperimentale dal 30 giugno 2014.
Sono però tenuti ad aderire a SISTRI i "vettori esteri" che "effettuano trasporti di rifiuti all'interno del territorio nazionale o trasporti transfrontalieri in partenza dal territorio".

Si conferma quindi la gradualità nell’avvio del SISTRI, con l’esclusione dei rifiuti non pericolosi e diverse tempistiche per l’avvio. Il SISTRI è operativo dal 1 ottobre 2013 per gli enti e le imprese di raccolta e trasporto di rifiuti pericolosi a titolo professionale, e quelli che effettuano operazioni di trattamento, recupero, smaltimento, commercio e intermediazione di rifiuti (speciali) pericolosi, inclusi i nuovi produttori.
Il SISTRI sarà operativo dal 3 marzo 2014 per enti e imprese produttori iniziali di rifiuti speciali pericolosi e i Comuni e le imprese di trasporto dei rifiuti urbani campani), a meno che non aderiscano volontariamente al Sistri a partire dal 1° ottobre.

La legge 125/2013 di conversione del Dl 101/2013 ha stabilito che il periodo transitorio di adeguamento in cui convivono vecchi adempimenti "cartacei" e nuovi adempimenti "informatici" è stata allungato fino al 1° agosto 2014. 
In questo periodo enti e imprese devono utilizzare i nuovi strumenti applicativi del Sistri continuando però a rispettare gli obblighi previgenti in materia di registri di carico e scarico e di formulari di identificazione (articoli 190 e 193 del Dlgs 152/2006 nella versione antecedente l'entrata in vigore delle modifiche introdotte dal Dlgs 205/2010).
Le sanzioni decorreranno con la fine del periodo transitorio e quindi con il 1 agosto 2014 fatto salvo il periodo transitorio di regime sanzionatorio "attenuato" (previsto dal Dlgs 205/2010).